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Mon projet préféré du moment est une énorme usine à gaz avec un bon paquet de modules Maven. Sous Eclipse avec m2eclipse, des builds Maven se lancent en pagaille si on active le "build automatically".

<profiles>
 <profile>
    <id>m2eclipse</id>
    <activation>
      <property>
        <name>osgi.bundles.defaultStartLevel</name>
      </property>
    </activation>

    <build>
      <plugins>
        <plugin>
          <groupId>org.codehaus.mojo</groupId>
          <artifactId>aspectj-maven-plugin</artifactId>
          <configuration>
            <excludes>
              <exclude>**/*.java</exclude>
            </excludes>
          </configuration>
       </plugin>
      </plugins>
    </build>
</profile>

Avec cette conf magique, AJDT est correctement configuré par m2eclipse et fait parfaitement son boulot (le hotswap permet ainsi d'éditer le code et de constater le résultat à chaud dans Tomcat), ET les build maven sous eclipse sont raisonablement rapides, le plugin aspectj ne faisant plus rien.